Este sitio de buceo, situado en el lado noroeste de la isla Ishigaki, tiene una de las tasas más altas de encuentros con manta rayas en el mundo. Se puede llegar en barco en 10 o 15 minutos. La profundidad del agua es de alrededor de 10-20m y la marea es relativamente tranquila, pero a veces puede ser más fuerte. Una pequeña colina en medio del mar es una estación de limpieza donde las manta rayas vienen a visitar. Las manta rayas nadan a una profundidad de 5 a 10 metros, por lo que se pueden ver haciendo snorkel.
La Playa de Cristal (Playa de Yamahara) en Kabira, Ishigaki, es un lugar apartado con depósitos naturales de cristal procedentes del río del monte Omotodake. Sus aguas vírgenes albergan arrecifes de coral, peces tropicales y tortugas marinas. Se accede por una pendiente pronunciada con instalaciones limitadas, por lo que la preparación y la precaución son esenciales.
El arrecife de Yonehara se encuentra en el punto de Kawadaira, en la parte norte de la isla Ishigaki. Este sitio es sólo una entrada de barco. La profundidad media es de 5 a 30 metros. Hay una plataforma de coral de 5 a 6 metros de profundidad que cae en un área arenosa en 20 a 25 metros de agua con tres raíces, densamente poblada de corales de mesa y de remolino.
El Laberinto de Sakieda, en el oeste de la isla de Ishigaki, Okinawa, presenta complejas formaciones de arrecifes con arcos y túneles naturales que crean mágicos focos. Con profundidades de 3 a 15 metros y corrientes suaves, es adecuado para principiantes. Las zonas poco profundas albergan vibrantes arrecifes de coral y diversos peces, como el pez payaso.
Las Ruinas Submarinas fueron descubiertas por un buceador local en 1986 y es un popular lugar de buceo en Yonaguni junto con los tiburones martillo. Está a unos 15 minutos del puerto. Una enorme pared en forma de escalera se extiende unos 250 m de este a oeste y 150 m de norte a sur para formar las ruinas.
La isla más occidental de Japón. Está más cerca de Taiwán que la isla Ishigaki. Desde la isla Ishigaki se tarda unos 45 minutos en llegar en avión. El punto culminante de esta isla es la alta probabilidad de ver tiburones martillo. Entre ellos, este es el punto en el que las rocas, como los edificios, se erigen verticalmente desde el fondo del mar a una profundidad de 35 metros.