Ini adalah pulau kecil di sebelah timur Pulau Iriomote, dengan keliling sekitar 16 km. Ada sebuah hotel resor mewah di pulau ini. Di antara pulau ini dan Pulau Iriomote terdapat Jalur Air Yonara. Ada sekitar 400 jenis karang berwarna-warni seperti karang meja dan karang eda di sekitar pulau ini, dan ikan-ikan tropis yang sangat indah. Ada beberapa titik di Yonara Waterway di mana Anda dapat menemukan ikan pari manta.
Lokasi penyelaman yang terletak di sisi barat laut Pulau Ishigaki ini memiliki salah satu tingkat perjumpaan dengan pari manta tertinggi di dunia. Tempat ini dapat dicapai dengan perahu dalam waktu 10 hingga 15 menit. Kedalaman airnya sekitar 10-20 meter dan ombaknya relatif tenang tetapi terkadang bisa menjadi lebih kuat. Sebuah bukit kecil di tengah laut merupakan tempat pembersihan tempat pari manta datang berkunjung. Pari manta berenang di kedalaman 5 hingga 10 meter, sehingga Anda dapat melihatnya dengan snorkeling.
Sakieda Maze di barat Pulau Ishigaki, Okinawa, memiliki formasi terumbu karang yang kompleks dengan lengkungan dan terowongan alami yang menciptakan efek cahaya yang ajaib. Dengan kedalaman dari 3 hingga 15 meter dan arus yang lembut, tempat ini cocok untuk pemula. Area dangkal menjadi rumah bagi terumbu karang yang hidup dan beragam ikan seperti ikan badut.
Pantai Kristal (Pantai Yamahara) di Kabira, Ishigaki, adalah tempat terpencil dengan endapan kristal alami dari sungai Gunung Omotodake. Perairannya yang masih alami menjadi tempat tinggal bagi terumbu karang, ikan tropis, dan penyu. Aksesnya melalui lereng yang curam dengan fasilitas yang terbatas, jadi persiapan dan kehati-hatian sangatlah penting.
Pulau paling barat di Jepang. Lebih dekat ke Taiwan daripada Pulau Ishigaki. Dibutuhkan sekitar 45 menit dari Pulau Ishigaki untuk mencapainya dengan pesawat. Daya tarik utama dari pulau ini adalah kesempatan besar untuk melihat hiu martil. Di antara mereka, ini adalah titik di mana batu-batu karang, seperti bangunan, berdiri tegak dari dasar laut pada kedalaman 35 meter.
Reruntuhan Bawah Laut ditemukan oleh penyelam lokal pada tahun 1986 dan merupakan tempat menyelam yang populer di Yonaguni bersama dengan hiu martil. Jaraknya sekitar 15 menit dari pelabuhan. Sebuah dinding besar berbentuk tangga membentang sekitar 250m timur-barat dan 150m utara-selatan untuk membentuk reruntuhan.