Os seus arredores são protegidos por um Decreto Municipal onde a caça e a pesca são proibidas. Como resultado, a vida marinha é abundante e diversificada. A área é bem marcada na superfície e no fundo há cabos submersos, um chassi de caminhão, uma âncora e uma estátua de Neptuno.
O arquipélago de Alcatrazes é a área marinha mais preservada do estado de São Paulo, em parte devido às restrições de uso estabelecidas pela Marinha do Brasil (MB) e Esec Tupinambás desde os anos 80. Após mais de 30 anos de proibição, o mergulho autônomo foi novamente aberto à população em dezembro de 2018.
O ponto de mergulho mais desejado pela Laje de Santos para todos os mergulhadores, no entanto, as condições do mar nem sempre permitem o mergulho em Calhaus. Neste ponto não há cordas para ancorar e o passo gigante é dado com o barco em movimento. Realmente emocionante! A passagem através do túnel é surpreendente.
O Parcel das âncoras é um local para mergulhos profundos até 45 metros, onde é possível ver dezenas de âncoras e também vários pináculos submarinos, onde se concentram grandes cardumes e são comuns avistamentos de grandes peixes.
A Ilha Vitória é muito conhecida por estar no meio do caminho, entre São Sebastião e Ubatuba, e pode ter como ponto de partida qualquer um desses municípios. Nesta ilha podem ser feitos mergulhos rasos e profundos, sendo uma opção para mergulhadores iniciantes e avançados.
Este local de mergulho é um dos mais abrigados do Refúgio Alcatrazes. Sua profundidade varia de 10 a 20 metros e é recomendado para mergulhadores iniciantes.
Laje de Santos é um Parque Estadual Marinho e, portanto, um dos locais de mergulho mais preservados do litoral paulista. O mergulho na Boca da Baleia só deve ser feito em dias calmos, com pouca ou nenhuma corrente, apenas por mergulhadores avançados e experientes.
Este é o ponto mais famoso da Laje de Santos, onde se encontram todas as poitas para os barcos que operam no Parque. Como o nome já diz, Portinho é o local mais protegido da Laje e onde se faz a maior parte dos mergulhos. A profundidade média é de 20 metros.
Este é o local de mergulho mais bonito da Laje de Santos. É um local pouco profundo e, portanto, ótimo para fotografias. Os mergulhadores devem ter cuidado para não exceder os limites de visão do barco, pois a curva para o lado exposto da Laje pode apresentar forte corrente.
Este local de mergulho é relativamente abrigado. Pode ter águas frias no inverno e o termo "clines" é comum no verão. A profundidade varia de 10 a 23 metros aproximadamente. Consulte o operador sobre a corrente no local.
Ponto afastado da costa e sujeito à corrente. Lote formado por grandes pedras, com muitas tocas e fendas, o nome já sugere a presença abundante de peixes, além de tartarugas, e no fundo arenoso os raios.