Il s'agit d'une petite île située à l'est de l'île d'Iriomote, d'une circonférence d'environ 16 km. Il y a un hôtel de villégiature de luxe sur l'île. Entre cette île et l'île d'Iriomote se trouve la voie navigable Yonara. Il y a environ 400 sortes de coraux colorés comme le corail de table et le corail eda autour de l'île, et les poissons tropicaux sont très beaux. Il y a plusieurs points dans la voie navigable de Yonara où vous pouvez rencontrer des raies manta.
Ce site de plongée, situé au nord-ouest de l'île d'Ishigaki, a l'un des taux les plus élevés au monde de rencontres avec des raies manta. Il peut être atteint par bateau en 10 à 15 minutes. La profondeur de l'eau est d'environ 10 à 20 m et la marée est relativement calme mais peut parfois devenir plus forte. Une petite colline au milieu de la mer est une station de nettoyage où les raies manta viennent en visite. Les raies manta nagent à une profondeur de 5 à 10 mètres, vous pouvez donc les voir en faisant de la plongée libre.
Le labyrinthe de Sakieda, dans l'ouest de l'île d'Ishigaki, à Okinawa, présente des formations récifales complexes avec des arches et des tunnels naturels créant des effets de lumière magiques. Avec des profondeurs de 3 à 15 mètres et des courants doux, il convient aux débutants. Les zones peu profondes abritent des récifs coralliens dynamiques et divers poissons tels que les poissons-clowns.
Crystal Beach (Yamahara Beach) à Kabira, Ishigaki, est un site isolé avec des dépôts de cristaux naturels provenant de la rivière du mont Omotodake. Ses eaux vierges abritent des récifs coralliens, des poissons tropicaux et des tortues de mer. L'accès se fait par une pente raide avec des équipements limités. La préparation et la prudence sont donc essentielles.
L'île la plus occidentale du Japon. Elle est plus proche de Taïwan que l'île d'Ishigaki. Il faut environ 45 minutes pour se rendre de l'île d'Ishigaki en avion. Le point fort de cette île est la forte probabilité de voir des requins marteaux. Parmi eux, c'est le point où les rochers, comme des bâtiments, se dressent verticalement du fond de la mer à une profondeur de 35 mètres.
Les ruines sous-marines ont été découvertes par un plongeur local en 1986 et constituent un lieu de plongée populaire à Yonaguni, au même titre que les requins marteaux. Il est situé à environ 15 minutes du port. Un énorme mur en forme d'escalier s'étend sur environ 250 m d'est en ouest et 150 m du nord au sud pour former les ruines.