Puerto Aventuras ligt een beetje buiten de gebaande paden van Playa del Carmen, Cozumel, Akumal en Tulum wat duiken betreft. Als gevolg hiervan zijn de duik operators in Puerto Aventuras veel kleiner en meer gewend om kleinere groepen duikers mee te nemen voor trips. Deze trips gaan normaal gesproken naar hoofdstukken van het Meso-Amerikaanse Barrièrerifsysteem, dat langs de kust van het schiereiland Yucatán loopt en het op een na grootste barrièrerifsysteem ter wereld is. Deze hoofdstukken van het rifsysteem kunnen in slechts 5-10 minuten per boot worden bereikt en bestaan uit diverse landschappen zoals diepe ravijnen, kloven en tunnels. De milde stroming vlak voor de kust van Puerto Aventuras is geschikt voor beginnende duikers, hoewel gebieden met zwaardere stroming ook gemakkelijk per boot bereikbaar zijn. De duikwinkels en resorts in dit gebied bieden ook brevetcursussen aan voor degenen die graag willen leren hoe je onderwater kunt ademen tijdens hun vakantie.
Puerto Aventuras biedt duikmogelijkheden voor zowel beginnende als ervaren duikers. Beginners moeten zich beperken tot ondiepe rif duikstekken, die te vinden zijn in de Inner en Middle Reef hoofdstuk, en ervaren duikers kunnen meer diepte en muurduiken vinden in de Outer Reef hoofdstuk. De wrakduik bij Mama Viña is ook een spannende plek voor gevorderde duikers.
Puerto Aventuras is de thuisbasis van een hele reeks zeedieren, variërend van rif bewonende macro critters tot pelagische megafauna. Kreeften, krabben, tandbaarzen, zeenaalden, pijlstaartroggen, alen, sergeant-majoors en diverse andere kleurrijke tropische vissen zie je vaak op het Meso-Amerikaans Barrièrerif. Veel verschillende soorten zeeschildpadden, zoals onechte karetschildpadden, groene karetschildpadden, karetschildpadden en adelaarsroggen zweven graag rond de rand van het rif.
Playa del Carmen staat bekend als de eindbestemming van de jaarlijkse migratie van stierhaaien, dus af en toe stierhaaien zien verder uit de kust van Puerto Aventuras is niet ongewoon.
Waarnemingen van wildlife zijn gebaseerd op door gebruikers gegenereerde inhoud
Terwijl er geen slechte tijd is om Puerto Aventuras te bezoeken voor je duikvakantie, zijn bepaalde seizoenen beter dan andere voor het zien van specifieke soorten zeefauna. De koelere wateren van de wintermaanden (25-28ºC) trekken bijvoorbeeld meer pelagische soorten aan, zoals stierhaaien. Tijdens de warmere maanden (mei tot en met september) komen de Green en Loggerhead zeeschildpadden aan land om te nestelen en hun eieren op de stranden te leggen.
