ด้วยความหลากหลายทางชีวภาพที่เทียบได้กับราจาอัมปัต เกาะเทอร์นาเต้และหมู่เกาะโมลุกกะมักถูกมองข้ามไป การดำน้ำในเทอร์นาเต้ยังไม่เป็นที่รู้จักมากนัก แต่มีจุดดำน้ำขนาดเล็กที่น่าทึ่งมากมาย ศูนย์ดำน้ำสองแห่งของเทอร์นาเต้ให้บริการทริปดำน้ำทุกวันไปยังเกาะไมตารา เกาะติโดเร และจุดดำน้ำที่มีกระแสน้ำเชี่ยวที่เกาะฮิริ ปลาปักเป้า ปลาแมนดาริน และฉลามเดินได้ซึ่งเป็นสัตว์เฉพาะถิ่น ล้วนอาศัยอยู่ในบริเวณชายฝั่งของเทอร์นาเต้
บนเกาะเทอร์นาเตไม่มีรีสอร์ทดำน้ำ แต่มีอยู่สองแห่งบนเกาะฮัลมาเฮราที่อยู่ใกล้เคียง ศูนย์ดำน้ำบนเกาะเทอร์นาเตให้บริการทริปดำน้ำไปยังอ่าวเวดาในฮัลมาเฮรา หรือจุดดำน้ำที่มีฉลามชุกชุมบนเกาะโมโรไต หรือคุณสามารถออกเดินทางจากเทอร์นาเตไปยังเรือดำน้ำเพื่อสำรวจทะเลโมลุกกะได้ตลอดเวลา
จากเกาะเทอร์นาเต้โดยตรง มีจุดดำน้ำตื้นหลายแห่งที่ดำน้ำง่าย เหมาะสำหรับช่างภาพใต้น้ำที่ต้องการถ่ายภาพมาโคร เช่น ที่จิโกมาลาโม กำแพงปะการังของฟลอริดาที่ประดับประดาด้วยปะการังอ่อนและพัดทะเล เปิดโอกาสให้นักดำน้ำได้เห็นเต่าหรือฉลามครีบดำว่ายผ่านไป การดำน้ำที่เทอร์นาเต้เหมาะอย่างยิ่งสำหรับการจัดหลักสูตรดำน้ำ เนื่องจากจุดดำน้ำส่วนใหญ่มีความสงบ หากออกไปไกลจากฝั่ง สามารถสำรวจซากเรือ KM.Pari หรือดำดิ่งลงไปสำรวจยอดเขาใต้น้ำขนาดใหญ่ ถ้ำ และกระแสน้ำแรงที่เกาะโคตาจันจิและเกาะฮิริได้
การดำน้ำลึกในเกาะเทอร์นาเต้จะได้พบกับทากทะเลหลากหลายชนิด รวมถึงปลาปักเป้า ปลาแมนดาริน และปลาโกบี้เครา ที่จุดดำน้ำแบบมุดโคลน ในเวลากลางคืน สวมครีบดำน้ำเพื่อมองหาฉลามอินทรีฮัลมาเฮรา ซึ่งเป็นฉลามเฉพาะถิ่นเพียงชนิดเดียวที่สามารถเดินบนพื้นทรายได้ด้วยครีบคล้ายขาอันชาญฉลาด
ฉลามและปลากระเบนซุ่มอยู่ในถ้ำตามจุดดำน้ำบางแห่งในเกาะเทอร์นาเตะ ขณะที่ในกระแสน้ำแรงของฮิริ ฝูงปลากะพงขาว พะยูน โลมา และฉลามแนวปะการัง ต่างก็เคยแวะมาที่นี่เช่นกัน
การพบเห็นสัตว์น้ำ ขึ้นอยู่กับเนื้อหาที่ผู้ใช้สร้างขึ้น
ช่วงเวลาที่ดีที่สุดสำหรับการดำน้ำที่เกาะเทอร์นาเต้คือตั้งแต่เดือนพฤษภาคมถึงตุลาคม เพราะลมสงบและสามารถเข้าถึงจุดดำน้ำทุกแห่งได้ ในเดือนธันวาคมและมกราคม ลมจะแรงมากทำให้สภาพน้ำปั่นป่วน แต่ในเทอร์นาเต้ก็สามารถหลีกเลี่ยงลมและคลื่นได้โดยการดำน้ำทางด้านเหนือของเกาะ
