Seu entorno é protegido por um Decreto Municipal onde são proibidas a caça e a pesca. Em função disso, há uma abundante e diversificada vida marinha. A área é bem sinalizada na superfície e ao fundo existem cabos submersos, um chassi de caminhão, uma âncora e uma estátua do Netuno.
O arquipélago dos Alcatrazes é a área marinha mais pristina do estado de São Paulo, em parte devido às restrições de uso estabelecidas pela Marinha do Brasil (MB) e Esec Tupinambás desde a década de 80. Após mais de 30 anos proibido, o mergulho autônomo foi novamente aberto à população em dezembro de 2018.
O ponto de mergulho da Laje de Santos mais desejado por todos os mergulhadores, porém, nem sempre as condições de mar permitem mergulhar nos Calhaus. Neste ponto não existem poitas para ancoragem e o passo de gigante é dado com o barco em movimento Realmente emocionante! A passagem pelo túnel é surpreendente.
O Parcel das âncoras é um local para mergulhos profundos até 45 metros, onde é possível visualizar dezenas de âncoras e também vários pináculos subaquáticos, onde se concentram grandes cardumes e são comuns avistagens de grandes peixes.
A Ilha Vitória é muito conhecida pois está no meio do caminho, entre São Sebastião e Ubatuba, podendo ter como ponto de partida qualquer um destes municípios. Nesta ilha podem ser feitos mergulhos rasos e mergulhos profundos, sendo uma opção para mergulhadores iniciantes e avançados.
Este ponto de mergulho é um do mais abrigados do Refúgio de Alcatrazes. Sua profundidade varia de 10 a 20 metros e é recomendado para mergulhadores iniciantes.
A Laje de Santos é um Parque Estadual Marinho e, portanto, constitui um dos pontos de mergulho mais conservados do litoral paulista. O mergulho na Boca da Baleia deve ser feito somente em dias calmos, com pouca ou nenhuma correnteza, somente por mergulhadores avançados e experientes.
Este é o ponto mais famoso da Laje de Santos, onde estão localizadas todas as poitas para as embarcações que operam no Parque. Como o nome já diz, o Portinho é o local mais abrigado da Laje e onde a maioria dos mergulhos são feitos. A profundida média é de 20 metros.
Este é o ponto de mergulho com o visual mais bonito da Laje de Santos. É um local raso e, portanto, ótimo para fotografias. Os mergulhadores devem ficar atentos para não ultrapassarem os limites de visão do barco, pois a curva para o lado exposto da Laje pode apresentar forte correnteza.
Este ponto de mergulho é relativamente abrigado. Pode apresentar águas frias no inverno e termo clinas são comuns no verão. A profundidade varia de 10 a 23 metros aproximadamente. Consulte a operadora em relação à correnteza no local.
Ponto afastado da costeira e sujeito a correnteza. Parcel formado por grandes pedras, com muitas tocas e fendas, o nome já sugere a presença abundante de peixes, além de tartarugas, e no fundo arenoso as raias-manteiga.