A leghíresebb "lyuk a sziklában" (az indonéz fordításból), Batu Bolong azért népszerű, mert itt található a legkülönfélébb tengeri élővilág és korallok, de azért is, mert a "Current City" szívében található.
A Castle Rock egy akciódús csúcs, amely a Komodói Nemzeti Park északi részén található. A hegycsúcs egy nyílt víztömegben helyezkedik el, és a várszerű csúcs néhány méterrel a víz felszíne alá merül. A kékbe ugrasz, és gyorsan leereszkedsz, hogy a hasadékon belül helyezkedj el.
A Siaba Besar merülőhely többnyire sekély, védett a komodói áramlatoktól. Homokos fenék, gyönyörű keménykorallkertek és egy csatornába vezető enyhe lejtő alkotja. Tökéletes merülőhely kezdő búvároknak, a teknősök szerelmeseinek és azoknak, akik szeretik a könnyű és pihentető, mégis gyönyörű merüléseket.
A Crystal Rock egy gyönyörű tengeri hegy a Komodói Nemzeti Park északi részén található. Csúcsa apálykor látható. A főként lágykorallokkal borított Crystal Rock sokféle tengeri élőlénynek ad otthont. Az áramlatok kihívást jelenthetnek ezen a merülőhelyen, de a látótávolság általában nagyszerű, körülbelül 20 méteres.
Mawanban ("gyönyörű" a helyi nyelven) manta-tisztító állomások vannak. Ez a hely a Komodói Nemzeti Park központi részén található. A domborzat fehér homokos lejtőből áll, korallkerttel és peremzátonnyal. Ez egy kezdőbarát merülőhely. A maximális mélység 30 m.
Tatawa Besar a Komodói Nemzeti Park központi részén található. A domborzat egy lejtős zátony, és minden búvárszint számára megfelelő hely. Az áramlás enyhe vagy mérsékelt lehet, könnyű sodródásos merülést kínálva. A maximális mélység 30 méter.
A Tatawa Kecil a Komodói Nemzeti Park központjában található. A merülőhely fénypontja a lágy- és keménykorallokból álló korallkert. Maximális mélység 30 méter. Ez a hely tapasztalt búvárok számára alkalmas, mivel az áramlási viszonyok erősek lehetnek.
A Makassar-zátony, más néven Manta Point a Komodói Nemzeti Park központi részén található. Törmelékes fenékkel rendelkezik, és kezdő búvárkodásra alkalmas. A maximális mélység 18 m. Ez a hely sodródásos merülésnek számít.
A Siaba Kecil a Komodói Nemzeti Park központi részén található. A domborzati viszonyok túlnyúlásokból és korallkertből állnak. Ez egy haladó szintű merülőhely, mivel az áramlási viszonyok közepesen erősek. A merülőhely fénypontja a lágy- és keménykorallok. A maximális mélység 30 méter.
Karang Makassar, vagy Manta Point, ahogy ismertebb nevén Manta Point, a Komodo Nemzeti Park legnagyobb merülőhelye, amely körülbelül 3 km hosszú és 400-500 m széles. Ez egy sekély merülőhely, délre gyönyörű korallzátonyokkal, északra dűnékkel, a kettő között pedig törmelékes korallfenékkel, melyen elszórtan manta-tisztító állomások találhatók.
A Sebayur Kecil egy lejtős zátony. Ez a búvárhely kezdőknek és tudásukat felfrissíteni vágyóknak, valamint sznorkelezőknek is megfelelő. Általában nincs áramlat . Remek merülőhely kis lakók felkutatására, de a mélyebben fekvő búvárok különféle cápákat fedezhetnek fel.
Waecicu egyike a Labuan Bajo partjáról közvetlenül megközelíthető merülőhelyeknek. Ezt a helyet a Waecicu Beachről lehet megközelíteni Labuan Bajo északi részén. Ez egy kezdőbarát merülőhely, ahol nincs áramlás és a fenék nagyrészt homokos.
A Három nővér három nagy szikla, amelyek mindegyike kapcsolódik egymáshoz, mindegyiket korallok, kék szivacsok borítják, és hemzsegnek az élettől. Az áramlat árnyékában merülünk, és a merülést a 6, 7 és 8 méteres csúcsokon fejezzük be. Szerencsés lehetsz, ha rájákat látsz a csúcsok tetején átkelni.
A Police Corner a Komodói Nemzeti Park központi területén található. A topográfia itt hatalmas túlnyúlványokat tartalmaz. Ez egy haladó merülőhely közepes vagy erős áramlással. Kiemelkedik a gyönyörű lágy- és keménykorallok látványa. A maximális mélység 30 m.
Pink Beach / Pantai Merah, a Komodo Nemzeti Park központi részén található. Az alsó kontúr lejtős, és korallzátony, törmelék és növényzet keverékéből áll. A merülőhely minden szintű búvár számára alkalmas. A korallzátonyok típusai foltosak és víz alattiak. A maximális mélység 30 m.