Ez az Ishigaki-sziget északnyugati oldalán található merülőhely az egyik legnagyobb arányban találkozik manta rájákkal a világon. Hajóval 10-15 perc alatt elérhető. A vízmélység körülbelül 10-20 méter, és a dagály viszonylag nyugodt, de időnként erősebb is lehet. A tenger közepén egy kis dombon található egy tisztítóállomás, ahová a manta ráják látogatóba jönnek. A manta ráják 5-10 méteres mélységben úszkálnak, így sznorkelezéssel is láthatjuk őket.
Az Ishigakiban, Kabiraban található Kristálypart (Yamahara Beach) egy eldugott hely, ahol az Omotodake-hegy folyójából származó természetes kristálylerakódások találhatók. Érintetlen vizei korallzátonyoknak, trópusi halaknak és tengeri teknősöknek adnak otthont. A megközelítés egy meredek lejtőn keresztül történik, korlátozott létesítményekkel, ezért a felkészültség és az óvatosság elengedhetetlen.
A Yonehara-zátony a Kawadaira ponton található, az Ishigaki-sziget északi részén. Erre a helyre csak hajóval lehet belépni. Az átlagos mélység 5 és 30 méter között van. Van egy 5-6 méter mélységben lévő korallpolc, amely 20-25 méteres vízben három gyökérrel rendelkező homokos területre esik le, amelyet sűrűn benépesítenek asztali és örvénykorallok.
Az Okinawa nyugati részén, Ishigaki szigetén található Sakieda Labirintus komplex zátonyképződményekkel, természetes boltívekkel és alagutakkal rendelkezik, amelyek varázslatos fényhatásokat keltenek. A 3 és 15 méter közötti mélység és a gyengéd áramlatok miatt kezdők számára is alkalmas. A sekély területeken élénk korallzátonyok és változatos halak, például bohóchalak találhatók.
A víz alatti romokat egy helyi búvár fedezte fel 1986-ban, és a pörölycápákkal együtt népszerű búvárkodási hely Yonaguniban. Körülbelül 15 percre van a kikötőtől. Egy hatalmas, lépcsőzetes alakú fal mintegy 250 m kelet-nyugati és 150 m észak-déli irányban húzódik, így alkotva a romokat.
Japán legnyugatibb szigete. Közelebb van Tajvanhoz, mint Ishigaki szigete. Ishigaki szigetéről repülővel körülbelül 45 perc alatt érhető el. A sziget fénypontja a pörölycápák nagy esélye a pörölycápák megfigyelésére. Közülük ez az a pont, ahol a sziklák, mint épületek, függőlegesen állnak a tengerfenékről 35 méter mélységben.