Esta é uma pequena ilha no leste da Ilha de Iriomote, cerca de 16 km em circunferência. Há um hotel resort de luxo na ilha. Entre esta ilha e Iriomote Island fica a Yonara Waterway. Há cerca de 400 tipos de corais coloridos, como o coral de mesa e o coral eda ao redor da ilha, e os peixes tropicais são muito bonitos. Existem vários pontos na Yonara Waterway onde você pode encontrar as arraias manta.
Este local de mergulho, localizado no lado noroeste da Ilha de Ishigaki, tem uma das mais altas taxas de encontros com as radiações manta do mundo. Pode ser alcançado por barco em 10 a 15 minutos. A profundidade da água é de cerca de 10-20m e a maré é relativamente calma, mas pode se tornar mais forte às vezes. Uma pequena colina no meio do mar é uma estação de limpeza onde as radiações manta vêm para visitar. As radiações manta nadam a uma profundidade de 5 a 10 metros, para que você possa vê-las com snorkeling.
O Sakieda Maze, na parte ocidental da ilha de Ishigaki, Okinawa, apresenta formações complexas de recifes com arcos e túneis naturais que criam efeitos de luz mágicos. Com profundidades de 3 a 15 metros e correntes suaves, é adequado para principiantes. As zonas pouco profundas albergam recifes de coral vibrantes e diversos peixes, como o peixe-palhaço.
Crystal Beach (Yamahara Beach) em Kabira, Ishigaki, é um local isolado com depósitos naturais de cristais do rio do Monte Omotodake. As suas águas intocadas albergam recifes de coral, peixes tropicais e tartarugas marinhas. O acesso é feito através de uma encosta íngreme com instalações limitadas, pelo que a preparação e o cuidado são essenciais.
A ilha mais ocidental do Japão. É mais perto de Taiwan do que a ilha de Ishigaki. Leva cerca de 45 minutos da Ilha Ishigaki para chegar de avião. O ponto alto desta ilha é a grande chance de ver tubarões-martelo. Entre eles, este é o ponto onde as rochas, como edifícios, ficam verticalmente do fundo do mar a uma profundidade de 35 metros.
As Ruínas Subaquáticas foram descobertas por um mergulhador local em 1986 e é um local de mergulho popular em Yonaguni, juntamente com tubarões-martelo. Fica a cerca de 15 minutos do porto. Uma enorme parede em forma de escada estende-se por cerca de 250m este-oeste e 150m norte-sul para formar as ruínas.