Nằm trên hòn đảo lớn Flores, Labuan Bajo là cửa ngõ dẫn đến sự đa dạng sinh vật biển phong phú, dòng hải lưu mạnh và các địa điểm lặn đẳng cấp thế giới, tất cả đều có thể tìm thấy trong Vườn quốc gia Komodo. Vùng biển Komodo nổi tiếng là nơi thu hút vô số cá đuối manta và cá mập, trong khi những đàn cá khổng lồ tụ tập thành đàn trong vùng biển giàu chất dinh dưỡng. Trải nghiệm những chuyến trôi dạt đầy thú vị qua những địa điểm trông giống như những chướng ngại vật dưới nước hoặc thư giãn ở một số địa điểm yên tĩnh hơn ở Trung tâm Komodo, được bao quanh bởi vô số rùa biển.
Thị trấn đánh cá nhỏ Labuan Bajo là điểm xuất phát của nhiều trung tâm lặn biển đến thăm Vườn quốc gia Komodo hàng ngày. Nhiều trung tâm lặn biển này cũng tổ chức các khóa học lặn, nơi những người mới bắt đầu có thể học lặn tại các địa điểm lặn yên tĩnh ở Trung tâm Komodo, được bao quanh bởi những rạn san hô ấn tượng. Các khu nghỉ dưỡng lặn biển nằm trong thị trấn hoặc trên các hòn đảo nhiệt đới xa xôi lân cận cũng cung cấp các chuyến đi hàng ngày đến công viên. Tuy nhiên, hầu hết các trung tâm và khu nghỉ dưỡng lặn biển chủ yếu tập trung vào các địa điểm lặn ở Trung tâm và Bắc Komodo. Để tận hưởng trọn vẹn vẻ đẹp của công viên biển tuyệt vời này, các tàu du lịch lặn biển (liveaboard) ghé thăm quanh năm, mang đến cơ hội khám phá nhiều địa điểm khác nhau ở tất cả các khu vực của Komodo.
